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公司车辆违章扣分的话，应该由违章时的实际驾驶人去处理，也就是说“谁开车谁负责处理违章”：

1、让当时驾驶该车的驾驶员（或其他驾驶员）持驾驶证、行驶证到所在地的交警队处理就可以了；

2、违章扣分罚款是不能报销的，所以驾驶员违章了必须自行承担后果。但如果是公司领导要求违章行驶，而驾驶员无力阻止，导致的违章罚款，应该有公司或某领导承担；

3、如果是公司要求驾驶员违章行驶或停车导致的违章扣分，公司应该给与驾驶员必要的精神补偿。

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需要带上单位组织机构代码证复印件、法定代表人身份证复印件、单位授权委托书、本人驾驶证及身份证复印件、银行卡。具体步骤与处理私家车违规行为相同。

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公司车辆违章扣分的，应该让当时违章的驾驶人去接受处罚，携带相关资料，到车管所或者交警队处理就可以了。