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高速超时费应该是根据以下方式收取的：

1、比如一段路长60公里，那么就必须在一小时内行驶完，如果超过一小时，那么每小时就要收取40元的超时费，但是不同的地方收费标准都不同；

2、高速超时费主要是为了避免有人使用废卡逃避通行费，现在这种费用仍然还会收的；

3、所以在服务区休息时，要食宿费用的发票等，以便在出口付款超时的情况下，可以使用这些发票作为凭证。

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上海高速超时费收费标准，对于超过规定时间（12小时）未离开高速公路的车辆，收取超时费一个小时40元，即上海路网内的全部通行费。

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高速超时费是按时间收取的，在规定的时间内没用开完这段高速的，将会在出口时收取每小时40元的超时费。