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更换发动机后有可能出现的问题就是：

1、拆装过程中更换的密封件和螺丝质量比原车差，很多密封件和螺丝都是一次性的，即使都换了，这些新的零件质量也还是和原车件有差别的。原车件和用于维修更换的原厂件不是一个概念，质量最好的零件才会被用于装车，而那些质量差强人意的批次则是供应给后市场当做维修件。由此可见，更换发动机对新车来说绝对是一件伤筋动骨的事情，既影响汽车性能，又影响汽车寿命，后期使用上也有很多不确定的因素；

2、车辆贬值，对于二手车残值率来说，越是原装的车残值率就越高，通常懂车的人在购买二手车的时候会对车况进行检查，或者是委托第三方进行检查，如果检查到车辆更换过发动机的话，买家会砍价或者不再进行购买；

3、车辆管理上的困扰，每个车辆的手续上都会写着发动机号码，以及发动机的规格，如果更换的是同排量同款发动机也会存在着发动机号不一致的情况，不过对于这种应该有处理的方法；如果更换的是排量更大的发动机，那么在碰到年检或者查车的时候就很难说清楚了，可能涉嫌非法改装。

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性能各方面都没有以前好 ，更换汽车发动机缸体，或发动机总成后要重新打刻发动机号码。汽车发动机型号是发动机生产企业按照有关规定、企业或行业惯例以及发动机的属性，为某一批相同产品编制的识别代码，用以表示发动机的生产企业、规格、性能、特征、工艺、用途和产品批次等相关信息。如燃料类型、气缸数量、排量和静制动功率等。重新打刻发动机号要携带新发动机缸体发票、修理厂证明等到交管部门填写申请表。

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更换发动机首先应注意发动机的相关手续，是否有相应的合格证，其包装是否完整，包装的木箱上是否标示清晰，原则上来说，更换发动机是要到车管所进行变更的，发动机号应是新的号码，一般打原号码主要是由于发动机没有合格证或避免变更的繁琐手续，但这是不允许的，如果验车时被发现，将无法进行验车。更换后应检查发动机线束及管路是否凌乱，磨合时按照新车磨合标准就可以。