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科目三补考费在网上交是可以的，在线预约科目三缴费流程：

1、首先进入市公安交通管复理局-考试预制约服务系统，录入身份证号码、考试预约密码、验证码，然后点击登录；

2、登录页面，右上角显示补考费缴纳，点击“补考费缴纳”；

3、进入公安交通管理局-补考网上缴费服务系统，首先显示的是补考网上缴费-声明公告，阅读并点击“已查看，下一步”；

4、进入补考网上缴费登录，录入证件号码、验证码，点击“确认”；

5、进入补考网上缴费 第二步验证身份核实信息，填写姓名，核实证件号码，填写邮寄地址、联系电话知，选择补考的考试科目，点击“确认”；

6、进入补考网上缴费 第二步确认订单信息，首先确认订单信息，如果信息不正确，点击“重新下道单”，如果信息正确无误，在页面下方在线支付里选择支付方式，点击“确认付款”，进行付款支付。

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重新预约补考科目收费标准按该科目考试费标准的50%收取，但全国各地的收费标准是不同的，有些地区只要80元，有些地区要180元或者200元，还有些地区科目三的补考费需要缴纳300元甚至更多，应以当地的实际费用为准。实际上很多驾校都有提供一条龙服务，学员只需要把补考费用交到驾校就可以，但很多驾校收取的费用会非常高，特别是小地方的驾校，收取的费用远远高于实际的补考费用，学员应该询问清楚费用详情。

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直接在【公安部互联网交通安全综合服务管理平台】进行缴费，进入【公安部互联网交通安全综合服务管理平台】-找到【驾驶证业务】-点击进入【考试费缴纳】即可缴纳补考费用。打开【交管12123】手机APP进入首页-点击【更多】进入业务中心-点击【考试费缴纳】，之后再进行相关的登陆及验证操作，最后直接支付补考费用即可。