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电子眼违章处理会扣分，电子眼抓拍的违章，只要还没有去交警大队认罚，车主可以在车辆年检之前处理，期间都不会产生滞纳金，但如果车辆违章超过3次以上未处理，有可能会被交警扣车。

相关资料：

1、根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》中到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的3%加处罚款，滞纳金最高不会超过罚款；

2、并按照《道路交通安全法实施条例》规定，机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除；

3、记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期，需要提示的是，不管是现场处罚还是非现场处罚（即违法停车贴条、电子警察摄录等），只要交管部门已对该违法行为进行裁决，驾驶人就应该按照“处罚决定书”规定时间在15日内去缴纳罚款，否则就会因逾期被加处罚款，同时，记分还可能会被转入下一个记分周期。