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超员50%处以罚款2000元，扣12分。根据《道路安全条例》第六十条规定：公路客运车辆载客超过核定人数或者违反规定载货的，超载50%以上处以二千元罚款。《道路交通安全违法行为记分分值》第一条第三点规定：驾驶营运客车（不包括公共汽车）、校车载人超过核定人数20%以上的。一次扣12分。

《道路交通安全法》对于超载的规定如下：

1、第九十二条规定：公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款，一次记12分；

2、第九十条规定：机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款；

3、第九十二条规定：货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款，一次记2分；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款，一次记6分。