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如果市区路段限速为每小时40公里，机动车驾驶的车速超过每小时60公里，按照相关法律法规算的话，已经算是超速超过了50%，这时相关工作人员就有权利扣除该驾驶人的驾驶证6分，并罚款1000元。

根据最新交通法律法规得知：

1、机动车驾驶人选择在高速或者是城市快速路，选择车速超过规定时速的50%以上，被交警抓住就会一次性扣除驾驶证12分，并罚款2000元以下500元以上。

2、机动车驾驶人选择在城市或者是高速快速路以外的道路上行驶，这时没有按照相关规定车速驾驶，反而超过50%以上，一般会罚款500元以上2000元以下，并一次性扣除6分。

3、机动车驾驶人如果在城市或者是高速快路，没有按照相关规定行驶，反而超过时速的20%以上到50%以下，会被交警一次性扣除驾驶证6分，罚款200元。