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电子眼确实会拍摩托车在禁摩区域行驶。先说说电子摄像头的工作原理：现在城市里抓违章用得最多的还是摄像头。这些摄像头能实时监控经过监测区域的车辆，一旦发现有闯红灯、逆行、轧线等违法行为，就会连续拍好几张过程照片。

技术方面，电子眼结合了车辆检测、光电成像、自动控制、网络通信、计算机处理等多项技术，专门盯着机动车闯红灯、逆行、超速、越线行驶、违停这些违章行为。24小时全天候监控，自动抓拍违法图文信息，之后再根据记录进行处罚。

再来说限行处罚的问题：理论上电子眼闪几次就算几次违章，但同一时间段同一地点违反禁令标志，就算多次被抓拍也算一次违法。如果是不同时间段或者不同路段违禁，那就算多次违法。比如同一时间不同路段闯禁行，算多次违法；不同时间同一地点违禁，同样算多次违法。罚款次数是根据具体时间和路段来判定的。