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手自一体变速箱就是自动挡车带的手动模式，而手动挡就是纯手动的变速箱。两者的区别主要有三点：一是选挡的自由度不同。手动挡的车可以自由选任何挡位，比如想挂3挡直接挂3挡；但手自一体的手动模式只能通过加减来换挡，不能直接跳挡，比如现在在3挡，想跳到5挡可能不行。二是安全性不同。手自一体变速箱有保护程序，如果操作太激进或不合理，比如低速高挡或者高速低挡，变速箱会拒绝执行；但手动挡车没有这层保护，驾驶员操作失误可能导致熄火或损坏变速箱。三是换挡时的操控体验不同。手自一体在换挡时因为不用离合，超车时能更快完成升挡操作；手动挡则更灵活，比如超车时可以从高档直接切到低档，利用发动机制动快速提速，但需要配合离合器操作。不过手动挡需要踩离合换挡，反应速度可能不如手自一体快。