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新车未上牌的车辆合格证应该在经销商手上，已经上牌的车辆合格证在车管所档案库。车辆合格证随车辆出厂附带，在车辆办理号牌登记时需要上交车管所存档，换发机动车登记证书。以下是更多相关的资料：车辆合格证：车主在提车时就可以向4s店的工作人员索要随车出厂的车辆合格证，在证书上就可以查看车辆合格证的编号。不过车辆合格证在车主给新车上牌登记时，需要上交给车管所保存，因此在上牌后，车主是换回机动车登记证书，而没有车辆合格证。因此车主在上交车辆合格证后想查看车辆合格证编号，可以咨询汽车经销商，能否在车辆登记的车管所，根据发动机号来查询得知车辆合格证编号。而且还根据发动机号对比得知汽车出厂时的随车记录以及行驶证的发动机号是否一致。