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摩托车闯红灯扣6分。并且还应当由查获的交通警察或公安机关交通管理部门依照法律规定。

闯红灯的法律规定：

《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定，处警告罚款。本法另有规定，依照规定处罚。

闯红灯的扣分处理：

根据《道路交通安全违法行为记分分值》机动车驾驶人驾驶机动车违反道路交通信号灯通行，一次记6分。并且还应当由查获的交通警察或公安机关交通管理部门依照法律规定。