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摩托车驾驶证违章扣分是会影响汽车驾驶证的。摩托车驾照和汽车驾照合并之后，扣分就扣在这一张合并后的证上，既可以说是扣在摩托车驾照上又可以说是扣在汽车驾照上。总共还是12分，不管驾驶什么车违章，都还是从12分里面扣。

根据《道路交通安全法》第二十四条：公安机关交通管理部门对机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的行为，除依法给予行政处罚外，实行累计记分制度。公安机关交通管理部门对累计记分达到规定分值的机动车驾驶人，扣留机动车驾驶证，对其进行道路交通安全法律、法规教育，重新考试。

考试合格的，发还其机动车驾驶证。对遵守道路交通安全法律、法规，在一年内无累计记分的机动车驾驶人，可以延长机动车驾驶证的审验期。具体办法由国务院公安部门规定。