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手自一体是带有手动模式的自动变速箱，手动挡是手动变速箱。两者的区别如下：

是否能让驾驶员直接选择某一个挡位：

手动变速箱可以让驾驶员直接选择某一个挡位，但是手自一体变速箱的手动模式只能让驾驶员加挡或减挡，并不能让驾驶员直接选择某一个挡位；

是否有保护程序：

当驾驶员的操作不合理时，手自一体的变速箱不会执行驾驶员的操作，而手动挡没有保护程序；

提速超车时两者优势不同：

手自一体的车子在换档的时候驾驶证更加随心所欲，减少换档时间；手动档更为灵活，比如在超车的时候需要从高档换入抵挡。