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不能备案，根据《道路交通安全法》的第十六条第一项：任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。而改装排气管就不得不改变车辆原有的构造或者特征，毕竟再好的改装件和原厂件比起来也必然会有差别，所以摩托车改排气是无法备案的。同时摩托车在年审的时候如果改了排气也是年审不了的，只有将车辆恢复成出厂状态才行。

摩托车改装排气管的处罚：

根据道路安全法的相关规定，驾驶非法改装的机动车上道路行驶的，公安交管部门将依法扣留车辆，收缴非法装置，责令恢复原状，并依法处200元罚款。

公安部《机动车登记规定》第十六条规定，对摩托车改装有明确规定如下：

1、小型、微型载客汽车加装前后防撞装置；

2、货运机动车加装防风罩、水箱、工具箱、备胎架等；

3、增加机动车车内装饰。

以上这三种情况是允许的。除此以外的改变机动车品牌、型号、发动机型号，改变已登记机动车外形和有关技术数据的都属于非法改装，非法改装车辆即对车辆的外观、动力系统、传动系统、制动系统进行非国家法律允许及厂商同意的超出原车设计负载能力及功能的改装，包括更换关键部件的行为。