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有进京证的车在高峰期也会被扣分。根据限行规定，持北京通行证的外地小客车，在工作日早晚高峰时段七点至九点、五点至八点，禁止在五环路及其内环路主辅路和大兴区部分道路行驶。

持有进京证的其他省、自治区、直辖市的小客车违反高峰限行规定的，根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，违反机动车禁行标志和指示处罚，罚款100元，扣3分。

同时，有进京证的车辆还应符合北京市尾号限行规定。根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，如果在高峰期违反尾号限行规定，将被认定为违反交通限制违法行为将被罚款100元。每天6时至24时，六环路以内道路禁止所有外地号牌货车通行，将面临罚款100元，扣3分的处罚。但未办理进京证或进京证已过期，在限定范围内的支级以上城市道路停车的，按停车天数扣减当年可办理进京证的天数。

申请进京证有两种方式：

1、现场处理

外地号牌车主可携带驾驶证、车辆行驶证、检验合格标志、交强险证明、环保标志等全部材料前往北京市任一检查站或办证处，办理环保部门机动车尾气现场检测（现场检查），办理进京证；

2、网上处理

外地号牌车主提前1至4天通行北京交警应用程序处理应用程序（苹果13\u002FIOS15及以上系统，APP版本V3.4.1）。打开应用后，点击传递到北京注册登录填写申请信息后，添加车辆信息；

上传相关照片；

然后根据实际情况选择去北京的时间和路线，最后点击提交审批。

审核通过后，即可获得电子版《北京市进京证》。自行下载打印处理后的进京证，放在车辆前挡风玻璃内侧左下方，方便交管、交通部门查验。