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自动挡科二和手动挡科二的区别有以下4点：

1、考试项目不同，手动挡科二考试项目为坡道定点停车和起步、倒车入库、侧方停车、直角转弯、曲线行驶五项，自动挡科二考试项目为倒车入库、侧方停车、直角转弯、曲线行驶四项。

2、操作不同，手动挡需要控制离合器进行手动挂挡和倒车，自动挡不需要控制离合器，只有刹车和油门，考试过程中不容易出现熄火情况。

3、驾驶的车型不同，手动挡驾驶的是手动挡汽车，自动挡驾驶的是自动挡汽车。

4、驾驶证不同，考手动挡的驾照是C1驾驶证，考自动挡的是C2驾驶证，C1驾驶证允许驾驶C2驾驶证允许驾驶的车型。