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国三发动机和国二发动机的区别在于发动机尾气排放有害物质含量的高低，国三发动机要低于国二发动机，所以国二和国三区别是国三比国二更环保。

从发动机的结构来区别发动机的不同，国三发动机和国二发动机供油系统不同，发动机尾气中有害物质的排放也不同。

国二标准2004年7月1日全国实施：为了迎接奥运，北京提前实施。国二标准相对于国一标准对排放标准的要求也进一步提高，单车污染物排放一氧化碳降低百分之30，碳氢化物和碳氧化物降低百分之55。

国三标准2007年7月1日全国实施：国三车为了降低污染物排放在技术方面对发动机和排气系统进行了升级和改造，增加了车辆自诊断系统和对三元催化进行了升级。