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新车上牌合格证要交给车管所保管。汽车合格证在上牌后不会返还，一般在新车上牌时，合格证需要上交车管所存档备案。车辆合格证是汽车一个非常重要的凭证，同时也是汽车上牌时必备的的证件。

只有具有车辆合格证的汽车才符合国家对机动车装备质量及有关标准的要求，车辆登记机关才会予以注册，核发证照。

车主上牌后合格证将被车管所统一收回，此后便不再下发，并且车辆在上牌后办理任何手续也不再需要用到车辆合格证。

除了上牌合格证外，车管还会收取购车发票第四联、购置税、车辆交强险、身份证的复印件等资料。一般来说，对于车辆的购车凭证，即发票原件不需要交给车管所，车主自行保管，车辆的合格证需要交，因为要用合格证来换取汽车产权证。因为一部新车不仅仅是有纸质档案，在办理完上牌后，车管所也会对所有新车资料建立电子档案，该档案资料全部都是副联，比如强险副联、购置税副联等，方便日后参看，原件是属于车主。

如果车主对于4S店的经营资质或者执行力度有异议的话，可以让销售人员陪同到车管所办理上牌，办理上牌后，购车发票没有实质性意义。