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摩托车驾照和汽车驾照合并之后扣分就扣在这一张合并后的证上，既可以说是扣在摩托车驾照上又可以说是扣在汽车驾照上。总共还是12分，不管驾驶什么车违章，都还是从12分里面扣。一旦扣分超过12分，车主要驾驶摩托车或汽车必须重新考证，否则是不能上路行驶的。

相关规定：公安机关交通管理部门对机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的行为，除依法给予行政处罚外，实行累积记分制度。公安机关交通管理部门对累积记分达到规定分值的机动车驾驶人，扣留机动车驾驶证，对其进行道路交通安全法律、法规教育，重新考试。