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摩托车改短尾被交警查处后会被处于驾驶证扣12分的处罚。摩托车改装成短尾属于非法改装，因为短尾结构已经改变了摩托车原有的外形以及结构，这和原驾驶证上的摩托车照片不符，所以是一种非法改装行为，而且年检时也不会给予通过的。

相关法规：

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条：任何单位或者个人不得有下列行为：

（一）拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征；

（二）改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号；

（三）伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志；

（四）使用其他机动车的登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志。