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科目三补考费可以网上交，科目三考试的补考费除了到车管所业务窗口和通过教练代缴以外，也可以通过网上缴纳。12123科目三补考费缴费流程如下：（操作环境：12123手机app版本：v2.8.1）

1、打开交管12123手机APP ；

2、输入账号密码登录，未注册的则先点击注册，按要求填写身份证件号、姓名、手机号、电子邮箱、省份、密码，完成注册后，再返回登录界面登录；

3、进入主页后，点击“更多”功能；

4、在驾驶证业务栏目中找到“考试费缴纳”选项；

5、进入缴费页面后，点击“未交费栏目”，选择对应的未缴费科目，按要求进行缴费即可。