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摩托车换发动机要办理发动机编号手续，向登记该机动车的公安机关交通管理部门备案。摩托车可以换发动机，但要依法进行。

发动机更换的办理流程：

1、申请更换发动机。在车管所办理变更手续，车主需要携带身份证、车辆行驶证、机动车登记证、新发动机合格证。在车管所，让工作人员申请验车，留下新发动机号的拓片。

2、车辆检查的方式与在用车辆检查相同。车辆检验过程中，车辆需要在检验场排队，但之前不需要填写各种表格，只需在检验场排队检验即可。普通人不允许进入检测线，包括车主。所以在验车的过程中，车辆是由工作人员驾驶的，所以车主只需要在出口等待的车辆。

3、办理手续并颁发新的驾驶执照。车辆检验完成后，车辆检验场会重新密封之前交给车主的信封，还会给车主一份检验证明。

根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第六条：已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记该机动车的公安机关交通管理部门申请变更登记：

（一）改变机动车车身颜色的；

（二）更换发动机的；

（三）更换车身或者车架的；

（四）因质量有问题，制造厂更换整车的；

（五）营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车的；

（六）机动车所有人的住所迁出或者迁入公安机关交通管理部门管辖区域的。

申请机动车变更登记，应当提交下列证明、凭证，属于前款第（一）项、第（二）项、第（三）项、第（四）项、第（五）项情形之一的，还应当交验机动车；属于前款第（二）项、第（三）项情形之一的，还应当同时提交机动车安全技术检验合格证明：

（一）机动车所有人的身份证明；

（二）机动车登记证书；

（三）机动车行驶证。

机动车所有人的住所在公安机关交通管理部门管辖区域内迁移、机动车所有人的姓名（单位名称）或者联系方式变更的，应当向登记该机动车的公安机关交通管理部门备案。