摩托车合格证丢了可以补办，合格证丢失之后一般是车主与经销商联系，经销商再和厂家联系，然后通过车辆的相关信息厂家就会对合格证进行补发，但是摩托车合格证丢了第一时间是去开证明，流程是到丢失所在地的公安部门进行报案处理，然后公安机关就会给你开具合格证丢失证明。

补办并拿到合格证之后，车主需要认真核对合格证上的发动机号和车架号和车辆的信息是否一致，如果出错了不一致也相当于合格证是没用的，合格证号可能会和之前的合格证号不同，这就需要经销商重新开具销售发票了，如果车主已经交了车辆的购置税，还要办理相关的变更手续。

摩托车合格证最大的作用就是证明你的车辆出厂时经过相关检验并且是合格的，上牌的时候需要用到合格证，合格证上面记录了摩托车的车架号、发动机号等关于车辆的详细信息，如果车辆在使用的过程中出现任何问题，车主都可以持合格证向厂家所要赔偿。