奥迪A6L采用分区空调，可以在中控空调面板以及MMI显示屏中进行设置。当车辆在阳光下晒得很热时，可以使用空调系统迅速降低车内温度。空调系统也可以以ECON模式运行从而节省燃油。

奥迪A6L空调系统界面如下所示：

1。驾驶员座椅加热

2。驾驶员座椅通风

3。驾驶侧冷暖风切换/温度调节旋钮

4.AUTO空调模式

5。前挡风玻璃除霜

6。空调分区控制开关

7。压缩机开关

8。鼓风机开关

9。关闭空调

10。出风模式选择

11。内外循环切换开关

12。后挡风玻璃除霜

13。副驾驶侧冷暖风切换/温度调节旋钮

14。副驾驶座椅加热

15。副驾驶座椅通风

奥迪A6L空调系统在自动模式下会保持在所设定的温度。出风温度、鼓风机风量和气流分配都会自动改变无需手动调整。因此，在自动模式下可以随时为乘客提供最舒适的车内环境。即使在春秋季节气候适宜的情况下，空调系统也能保持车内的空气清洁。