两年免检但是有违章需及时处理。虽然说新车第二年免检，但也需要申领检验合格标志。此时车辆如果有违章，需先处理好；如果违章不处理，则会影响年审。

对于6年免检期内的车辆，可以不用车辆到场，只需要车主或代理人每两年携带身份证、行驶证、交强险副本原件以及车船税证明到车管所或者在网上申领检验合格标识即可。而对于车辆违章，应及时办理，建议提前2-3个月办理，如果有违章，需要在年审前处理，不然会影响年审，带来连锁反应。

违章不处理，车辆就无法正常年审。如果车辆过了年审有效期，则不能继续上路行驶。如果驾驶未年审的车辆上路行驶被警察查到，是可以扣留车辆的，而且还需要扣3分罚200。另外，如果驾驶未年审的车辆上路行驶发生交通事故，保险公司将不会给予理赔，所有损失由车主自行承担。