大众新捷达手动变速箱是大众自家的MQ200五速手动变速箱，大众汽车著名的5速MQ手动变速箱，档位清晰，准确性极佳的吸合式入档是大众的首创。而倒档则延续大众传统的下压式，使倒档与1档切换的动作最小化，档位切换方便快捷。匹配发动机来看，可以为驾驶者提供充沛的驾驶乐趣，并且可以有效的控制燃油消耗量。

而6速自动变速箱的优势在于换挡迅速，输出平顺，可以为乘用者提供出色的乘用舒适性。自动挡车型不提供在很多车上成为鸡肋的手动换挡模式，只提供一个稍微激进一点的S运动挡，降低成本外，也更符合这款车的定位。