大众桑塔纳作为一款代代相传的车系，变速箱也经历过了几次蜕变。

大众新桑塔纳使用6速Tiptronic自动变速箱，是由日本爱信变速箱制造公司提供，这款变速箱最大特点是应用广泛、质量稳定、技术可靠、皮实耐用、换挡平顺、传动效率高，能完全满足了日常驾驶的需要。不过新桑塔纳的这款手自一体变速器的手动部分被阉割了，只留下了运动模式选择，尽管如此，这款变速器绝对算得上同级优秀产品了。

而年代久远的大众老桑塔纳3000配备了01N型自动变速器，该款变速器是一种4速全电控自动变速器，其液力变矩器具有锁止功能，01N型自动变速器结构紧凑、布局合理且传动效率高。变速器的壳体为整体式，内部结构包括行星齿轮、阀体、离合器及制动器等。