电动车违章是否会扣汽车驾驶证的分，取决于该电动车是不是属于新国标的电动车。根据相关的规定，骑行新国标的电动车是不需要驾驶证的，因此违章是不会被扣分的。

但是，如果驾驶的电动车不属于新国标电动车的范畴，需要持有相应的摩托车驾驶证才能驾驶。否则，如果驾驶证属于汽车增驾摩托车，或者摩托车增驾汽车驾驶证的，由于是共用12分，所以，电动车违章相当于扣的是汽车驾驶证的分。

在那些情况下驾驶电动车违章，会扣汽车驾驶证的分，如前所述，如果没有摩托车驾驶证，驾驶非国标电动车，意味着驾驶的车型和驾驶证上的准驾车型是不一致。根据相关的规定，将被交警扣留机动车，扣12分，罚200元-2000元不等的罚款，甚至是拘留15天。另外，在驾驶电动车的时候，有以下几种行为的，也会被扣12分：

1、喝酒后，醉酒驾驶机动车的；

2、驾驶机动车发生交通事故致人轻伤或者死亡的，但是并不构成犯罪；

3、在高速公路、城市高速公路上驾驶摩托车，超过了规定速度的百分之五十以上；

4、驾驶摩托车的过程中，使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证或者使用其他机动车号牌、行驶证的。