马自达6阿特兹的安全座椅接口位于后排座椅上。安全座椅是一种专为不同体重（或年龄段）的儿童设计，安装在汽车内，能有效提高儿童乘车安全的座椅。在汽车碰撞或突然减速的情况下，可以减少对儿童的冲压力和限制儿童的身体移动从而减轻对他们的伤害。

阿特兹在安全性能上也有所提升，新车车身高强度钢板的使用比例达60%，前后防撞梁强度达1800Mpa；其高刚性轻量化车身的整体强度提升了30%，而同时重量减轻了8%。另据测试结果显示，时速100公里时阿特兹的最短刹车距离仅为37米，大大提高了驾乘安全性。