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新车上牌后合格证是要交给车管所保管的。车辆合格证是：

1、车辆的另一个重要证明，也是车辆在使用时所必需的证件；

2、只有合格证的车辆才能满足国家对机动车设备质量及相关标准的要求；

3、车辆上牌照都是需要车辆合格证才能办理的，没有合格证的车辆无法上路行驶。

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新车办理牌照之后，合格证的原件是放在车辆管理所的。机动车管理机构主要负责机动车登记、变更、转让、抵押、注销登记。

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车辆办理完上牌业务后，需要车主提供车辆合格证，由车辆管理所的人员收走保管的。