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摩托车违章分两种情况：骑摩托车的人有摩托车驾驶证，这时候和汽车驾驶证没有关系，各管各的。摩托车违章就扣摩托车驾驶证的分。

骑摩托车的人没有摩托车驾驶证，只有汽车驾驶证；这时候就有关系了，属于准驾不符，汽车驾照会被扣12分。

根据《交通违法行为记分分值》规定机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：驾驶与准驾车型不符的机动车的；饮酒后驾驶机动车的；上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的等。