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c1驾驶摩托车被扣12分的处理办法如下：

参加学习：

需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。

参加考试：

机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。

其它处理：

考试合格者，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格者，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试者，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。