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云南简称滇但车牌是云的原因有两点：

各省份车牌号开始的是省份地区的简称，云南省有两个简称，一个是滇，一个是云，云也是云南省的缩写，所以交通部门统一规定云南省车牌号统一采用云，方便记忆。

还有一方面是为了方便书写。早期的车牌都是刻字的，少几个笔画就少费很多功夫，云字比滇写出来更简单，如果一个省有两个简称，选个笔画少的更合适，类似做法的省份也有不少，比如贵州简称贵或黔，车牌是贵。